Landstinget har övertagit ansvaret för läkemedelsförmånen (den del av läkemedelskostnaden som patienten inte själv betalar) i öppen vård. Under perioden 2002 t.o.m. 2004 ersätts landstinget därför med en fast summa årligen från staten. Sedan tidigare står landstinget för kostnaden för läkemedel i sluten vård. Ersättningen till landstinget är baserad på ålder, kön och socioekonomi och räknas upp med c:a 5 % per år.
De totala kostnaderna för läkemedel i öppen vård, dvs. både läkemedelsförmånen och egenavgiften, uppgick under 2001 till 1 007 miljoner kronor vilket är en ökning med 6 % från föregående år. Landstingets kostnad för läkemedelsförmånen uppgick till 780 miljoner kr, en ökning med 7,7 % vilket är strax över riksgenomsnittet på 7,3 %. Kostnaderna per person för läkemedelsförmånen ligger i Östergötland på riksgenomsnittet, dvs. något under 1 900 kr per person.
Landstinget i Östergötland har från och med 2002 som enda landsting i Sverige ett decentraliserat kostnadsansvar för läkemedel, ner på vårdcentralnivå. Kostnadsansvaret är patientflödesorienterat. Vårdcentralerna ansvarar för samtliga förskrivningar av ”allmänläkemedel” (80 % av totala kostnaderna) till sina listade patienter oavsett varifrån de förskrivs inom landstinget. Ersättningen är baserad på s.k. kapitation, dvs. den är relaterad till antalet listade patienter och deras åldersfördelning vid respektive vårdcentral. Sjukhusen har ansvar för sina förskrivningar av läkemedel vid klinikerna. Hälso- och sjukvårdsnämnden ansvarar för kostnaderna för övriga förskrivningar, inklusive privatläkare.
Under år 2001 har en särskild enhet – Läkemedelsenheten – byggts upp vid landstingets kansli för att stödja läkemedelsprocesser inom landstinget. En av de viktigaste funktionerna är att stödja lokalt kvalitetsarbete kring läkemedel så att rapporter om läkemedelsanvändning blir en självklar del av verksamhetsberättelsen och att det därigenom görs en rimlig avvägning mellan läkemedelskostnader och övriga vårdkostnader. Läkemedelsenheten fungerar också som Läkemedelskommitténs sekretariat.