Ärftlighet
Vissa typer av sköldkörtelsjukdomar beror på att så kallade autoantikroppar förstör körteln eller påverkar dess funktion. Tendens att bilda autoantikroppar kan ärvas men alla som bíldar autoantikroppar blir inte sjuka. Om man har en sköldkörtelsjukdom i släkten är risken större att man själv ska drabbas. Inom en och samma släkt kan risken för både över- och underfunktion vara ökad.
Kromosomfel
Barn med kromosomfel har större benägenhet att utveckla sköldkörtelsjukdom och genomgår därför i många fall rutinmässig provtagning med regelbundna intervall. Ett exempel på detta är barn med tre stycken kromosom 21 (Mb Down).
Jodbrist
Globalt är jodbrist den dominerande orsaken till underfunktion av sköldkörteln. Den behöver jod för att bilda hormoner. I Sverige är vanligt bordssalt joderat för att undvika jodbrist hos befolkningen.