FMC:s historia har påverkats av förändringar i flyktinginvandringen och regelverket kring flyktingmottagningen i SverigeI januari 1986 tillskapades en medicinsk vårdavdelning, vid Universitetssjukhuset i Linköping, för utredning och behandling av krigsskadade och svårt sjuka asylsökande och flyktingar. Skälet var en ökande flyktinginvandring från krigshärjade länder och ett ökande sjukvårdsbehov i dessa grupper. Avdelningen tillhörde Universitetssjukhuset och samarbetade med övriga specialiteter, t.ex. ortopedi, plastikkirurgi, medicinsk rehabilitering. Vården finansierades av och drevs via avtal med dåvarande Invandrarverket. Patienter remitterades främst från förläggningssjukvården i hela landet.
Mot slutet av 1980-talet började FMC att även driva förläggningssjukvård, en verksamhet som kom att omfatta mer än 30 förläggningar under den stora flyktinginvandringen från forna Jugoslavien, åren 1991-1992.
Efter en ökande efterfrågan på psykiatrisk vård för asylsökande och flyktingar på landets förläggningar startades 1991 en psykiatrisk vårdavdelning samt en öppenvårdsmottagning.
År 1992 startades även ett psykiatriskt team för barn och familjer, (Barn- och Familjeteamet).
Även dessa verksamheter drevs via avtal med Statens Invandrarverket.
I början av 1990-talet uppstod även ett behov av specialiserad psykiatrisk bedömning och behandling av personer som fått uppehållstillstånd. Ett nytt team, det s k "Kommunteamet" senare "Rehabiliteringsteamet", bildades 1992 för att tillgodose dessa behov.
I mitten av 1990-talet kom nya regler som innebar att Invandrarverkets sjukvårdsansvar för asylsökande upphörde och att Landstingen övertog detta. FMC: s avtal med Invandrarverket sades upp. Den somatiska och den psykiatriska vårdavdelningen lades ner. Den vuxenpsykiatriska mottagningen drevs en tid, och till viss del, som projekt (PTT-projektet). Förläggningssjukvården minskade i samma takt som flyktinginvandringen avtog.
Åren 1995-1996 hade verksamheten vid FMC reducerats till två team för vuxna, den vuxenpsykiatriska mottagningen och ”Rehabiliteringsteamet", samt Barn- och Familjeteamet. Rehabiliteringsteamet arbetade främst med utredningar/ bedömningar och psykosocial samt arbetslivsinriktad rehabilitering. Mottagningsteamet arbetade framförallt med behandling. År 1998, slogs de existerade vuxenteamen samman till ett enda stort team, FMC:s vuxenteam.
År 1995 startade FMC ett samarbete med dåvarande Statens Invandrarverk avseende medicinska insatser på Balkan, Swedish Medical Program (SMP). Personer i behov av specialiserad vård evakueras till Sverige, Medical Evacuation Program (Medevac). Sedan 1997 har team med svenska läkare och sjuksköterskor under korta perioder arbetat i Bosnien och Kosovo, Swedish Medical Team (SMT). Liknande aktiviteter har sedan 2001 även riktats mot Palestina (Swedish Trauma Team).
Verksamheten vid FMC har successivt utvecklats mot ett kompetenscentrum där undervisning, forskning och utvecklingsarbete fått en ökande betydelse.